L'Allaine prend sa source à Charmoille dans le canton du Jura suisse, à une altitude de 605 mètres, elle se jette ensuite dans l'Allan qui lui-même se jette dans le Doubs en France, en aval de Voujeaucourt. Sa longueur, y compris l'Allan, est de 65 km, dont 28 km en Suisse. Son bassin versant s'étend sur 1 120 km2 (bassin de l'Allan compris), dont 322 km2 en Suisse.
En Suisse, elle traverse les villages de Charmoille, Miécourt, Alle, Porrentruy, Courchavon, Courtemaîche, Montignez, Buix, Boncourt, puis en France ceux de Delle, Joncherey, Grandvillars, Morvillars, Allenjoie, où elle conflue avec la Bourbeuse.
Calcul des profils en long des rivières sur la base de la BD Alti 25m de l'IGN
Liste des tables :
* DC_Profil en long_BV Allaine_0707.TAB
* DC_Reperes_kilometriques_0707.TAB
* DC_profil_en_long_0707.TAB
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