Une masse d'eau souterraine est un volume distinct d'eau souterraine à l'intérieur d'un ou de plusieurs aquifères, constituant le découpage élémentaire des milieux aquatiques destinée à être l'unité d'évaluation de la DCE. Elle permet de définir les objectifs environnementaux, d’évaluer l’état des milieux et ultérieurement de vérifier l’atteinte de ces objectifs.
Dans le cas où 2 ou plusieurs masses d'eau souterraine sont superposées, l'attribut niveau permet de positionner les masses d'eau les une par rapport aux autres pour le polygone élémentaire concerné. La masse d'eau la plus profonde ayant le niveau le plus élevé. Le niveau commence à 1.
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