Pour remédier aux lacunes identifiées, le ministère de l’Ecologie du Développement Durable et de l’Energie a délégué à l’Agence des Aires Marines Protégées la mise en place des Programmes d’Acquisition de Connaissances sur les oiseaux et les mammifères marins (PACOMM). Dans le cadre de ces programmes, des campagnes d’observation aériennes ont permis d’acquérir des données d’observation pour la mégafaune marine dont les oiseaux et les mammifères marins pour les régions biogéographiques marines Atlantique et Méditerranée afin de déterminer un «état initial» ornithologique et cétologique dans les eaux du large et évaluer l’état de conservation des espèces dans les sites Natura 2000 existants. L’analyse spatiale de ces observations doit aider à la désignation des futurs sites Natura 2000 au large à travers l’identification de grands secteurs importants pour la conservation des espèces marines mobiles.
Après les journées PACOMM de décembre 2013, les discussions entre experts et le travail de centralisation de l’AAMP, dix grands secteurs (GS) d’intérêt pour les oiseaux et mammifères marins, dans lesquels il serait pertinent de désigner de nouveaux sites Natura 2000, ont été identifiés pour les régions biogéographiques marines Atlantique (7 GS) et Méditerranée (3 GS), en l’état actuel des connaissances et au vu des données utilisées et dans le contexte précis des campagnes.
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