La faune contribue également à la valeur biologique du site. La Bourbeuse est classée en rivière de deuxième catégorie ; elle est réputée pour sa grande richesse piscicole dont le brochet, le chabot, la bouvière et la vandoise. La Saint Nicolas ou la Madelaine ne sont pas en reste avec la présence de la loche d'étang, la lamproie de planer ou la bouvière, trois espèces dont la valeur patrimoniale est forte. Par ailleurs, la vallée de la Bourbeuse est le seul lieu de nidification connu du courlis cendré et du vanneau dans le Territoire de Belfort. Ces espèces sont accompagnées par un important cortège d'espèces nicheuses ou en halte migratoire. Pour les insectes, il faut signaler la présence de plusieurs stations de cuivré des marais.
Couches disponibles :
* **Carto Bahin**
* ... fond
* ... hydro
* ... pos
* ... veget
* **Suivi 1994**
* ... Cultures94
* ... Fauche94
* ... Jachères94
* ... Pâtures94
* **Suivi 1998**
* ... Amphibiens98
* ... Courlis98
* ... Cultures98
* ... Fauche98
* ... Jachères98
* ... Oiseaux98
* ... Pâtures98
* ... Sols1998
* ... Suivi-phyto98
* **Suivi 2000**
* ... Amphi et Rept 2000
* ... Bota 2000
* ... Courlis Vanneau 2000
* ... Oiseaux 2000
* ... z_total 2000
* **Suivi 2001**
* ... Cartographie nivéole 2001
* ... Courlis vanneau 2001
* ... Oiseaux 2001
* ... Placette de suivi nivéole 2001
* ... Végétation simplifiée 2001
* ... z_total 2000
* **Suivi 2002**
* ... Courlis Vanneau 2002
* ... Oiseaux 2002
* ... Vegetation 2002
* ... z_total 2002
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