Understanding Electron Transfer Reactions using Constrained Density Functional Theory: Complications due to Surface Interactions

Open data API in a single place

Provided by Zenodo

Get early access to Understanding Electron Transfer Reactions using Constrained Density Functional Theory: Complications due to Surface Interactions API!

Let us know and we will figure it out for you.

Dataset information

Catalog

Zenodo catalog

Country of origin

EU institutions

Updated

2022.12.02 00:00

Created

2022.01.01

Available languages

English

Keywords

ab-initio molecular dynamics, constraint density functional theory, electrode-electrolyte interactions

Datasource

Official portal for European data link

Quality scoring

Dataset description

For reproducing the results presented in "Hashemi, A., Peljo, P., & Laasonen, K. (2022). Understanding Electron Transfer Reactions using Constrained Density Functional Theory: Complications due to Surface Interactions", this database provides the input files and CDFT-AIMD trajectory information. Please refer to the publication if you wish to use these data. ---------------------------------------**************************************************************************------------------------------------------------- This study was financed by the Horizon 2020 Framework Programme CompBat with project number 875565. We also thank CSC-IT Center for Science Ltd. and Aalto Science-IT project for generous grants of computer time. ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- The content of a directory is shown in a tree-like format: ├── 1DMDQ │ ├── 1_md │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── dmdq-md-pos-1.xyz │ │ ├── md.inp │ │ ├── pos.xyz │ │ ├── submit.sh │ │ └── subsys.inc │ ├── 2_cdftaimd │ │ ├── state_a │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ ├── state_b │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── state_c │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── cdft_md.bash │ │ ├── cdft_md.inp │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ └── subsys.inc │ └── 3_cdft_wH2O_sccs │ ├── state_a │ │ ├── framePrint.py │ │ ├── input_files │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── README │ ├── state_b │ │ ├── b_to_a.tar.gz │ │ └── b_to_c.tar.gz │ └── state_c │ ├── framePrint.py │ ├── input_files │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ └── subsys.inc │ └── README ├── 2MeVi │ ├── 1_md │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── md.inp │ │ ├── mevi-md-pos-1.xyz │ │ ├── pos.xyz │ │ ├── submit.sh │ │ └── subsys.inc │ ├── 2_cdftaimd │ │ ├── state_a │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ └── subsys.inc │ │ ├── state_b │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── state_c │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── cdft_md.bash │ │ ├── cdft_md.inp │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ ├── frame.xyz │ │ └── subsys.inc │ └── 3_cdft_wH2O_sccs │ ├── state_a │ │ ├── framePrint.py │ │ ├── input_files │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── README │ ├── state_b │ │ ├── b_to_a │ │ │ ├── framePrint.py │ │ │ ├── input_files │ │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ │ └── subsys.inc │ │ │ └── README │ │ └── b_to_c │ │ ├── framePrint.py │ │ ├── input_files │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── README │ └── state_c │ ├── framePrint.py │ ├── input_files │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ └── subsys.inc │ └── README ├── 3OHVi │ ├── 1_md │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── md.inp │ │ ├── ohvi-md-pos-1.xyz │ │ ├── pos.xyz │ │ ├── submit.sh │ │ └── subsys.inc │ ├── 2_cdftaimd │ │ ├── state_a │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ ├── state_b │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── state_c │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── cdft_md.bash │ │ ├── cdft_md.inp │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ ├── frame.xyz │ │ └── subsys.inc │ └── 3_cdft_wH2O_sccs │ ├── state_a │ │ ├── framePrint.py │ │ ├── input_files │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── README │ ├── state_b │ │ ├── b_to_a │ │ │ ├── framePrint.py │ │ │ ├── input_files │ │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ │ └── subsys.inc │ │ │ └── README │ │ ├── b_to_a.tar.gz │ │ ├── b_to_c │ │ │ ├── framePrint.py │ │ │ ├── input_files │ │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ │ └── subsys.inc │ │ │ └── README │ │ └── b_to_c.tar.gz │ └── state_c │ ├── framePrint.py │ ├── input_files │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ └── subsys.inc │ └── README ├── 4dBR5 │ ├── 1_md │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── dmdq-md-pos-1.xyz │ │ ├── md.inp │ │ ├── pos.xyz │ │ ├── submit.sh │ │ └── subsys.inc │ ├── 2_cdftaimd │ │ ├── state_a │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ ├── state_b │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── state_c │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── cdft_md.bash │ │ ├── cdft_md.inp │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ ├── frame.xyz │ │ └── subsys.inc │ └── 3_cdft_wH2O_sccs │ ├── state_a │ │ ├── framePrint.py │ │ ├── input_files │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── README │ ├── state_b │ │ ├── b_to_a.tar.gz │ │ └── b_to_c.tar.gz │ └── state_c │ ├── framePrint.py │ ├── input_files │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ └── subsys.inc │ └── README ├── 52HNQ │ ├── 1_md │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── hnq-md-pos-1.xyz │ │ ├── md.inp │ │ ├── pos.xyz │ │ ├── submit.sh │ │ └── subsys.inc │ ├── 2_cdftaimd │ │ ├── state_a │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ ├── state_b │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── state_c │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── cdft_md.bash │ │ ├── cdft_md.inp │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ ├── frame.xyz │ │ └── subsys.inc │ └── 3_cdft_wH2O_sccs │ ├── state_a │ │ ├── framePrint.py │ │ ├── input_files │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── README │ ├── state_b │ │ ├── b_to_a.tar.gz │ │ └── b_to_c.tar.gz │ └── state_c │ ├── framePrint.py │ ├── input_files │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ └── subsys.inc │ └── README └── 6_n_H2O_effect_mevi ├── 08h2o │ ├── framePrint.py │ ├── README │ ├── state_a.tar.gz │ └── state_b.tar.gz ├── 10h2o │ ├── framePrint.py │ ├── README │ ├── state_a.tar.gz │ └── state_b.tar.gz ├── 20h2o │ ├── framePrint.py │ ├── README │ ├── state_a.tar.gz │ └── state_b.tar.gz ├── 40h2o │ ├── framePrint.py │ ├── README │ ├── state_a.tar.gz │ └── state_b.tar.gz ├── 97h2o │ ├── framePrint.py │ ├── README │ ├── state_a.tar.gz │ └── state_b.tar.gz └── fig3.png 74 directories, 301 files ------------------------------------------------------- There are 6 directories: 1DMDQ, 2MeVi, 3OHVi, 4dBR5, 52HNQ, 6_n_H2O_effect_mevi. Except for "6_n_H2O_effect_mevi", we see 3 subdirectories named 1_md, 2_cdftaimd, and 3_cdft_wH2O_sccs. The input files and AIMD trajectories can be found in 1_md. While 2_cdftaimd contains the CDFT-AIMD input files and trajectories. To reproduce snapshots and input files of 3_cdft_wH2O_sccs, follow the README files in the subdirectories. The directory "6_n_H2O_effect_mevi" contains the number of water effects (Figure 3 of the publication). Users are guided by README files once again.

European data infrastructure with broad catalog discovery, free evaluation access and production-grade API options.

190K+

indexed dataset pages

countries and EU institutions

2019

API-first since

Free API quota

for evaluation and prototypes

SLA

history and push on production APIs

FAQ

Questions before production use

Practical answers on evaluation, licensing, freshness, versioning and support.

api.store is built and operated by Apitalks s.r.o. Company details and a direct contact path are linked in the footer for vendor checks and procurement review.

Yes. Selected APIs include a free API quota, so your team can validate coverage, freshness, response shape and workflow fit before asking for a production plan.

Often yes, but usage rights depend on the source license and dataset. We surface source, license and update metadata where available, and can help review terms before a production integration.

Maintained APIs include update metadata where available. For production integrations, we can add history, monitoring and push updates so changes are easier to detect and act on.

Production APIs can add SLA, stable identifiers, versioning support, history, push updates and direct support around the data your product or AI workflow depends on.

Didn't find the API you need?

Let us know and we will figure it out for you.

api.store Built by Apitalks

European data discovery with free evaluation access and production-grade API options.

About api.storePrivacy Terms of Service